基础医学院的学科形成于1937年，分别于1979年、1981年获国务院学位委员会首批硕士、博士学位授予权。1986年成立西安医科大学基础医学院。2000年4月西安医科大学与、陕西财经学院三校合并成立医学院，基础医学院取消建制。2012年医学部成立，2014年底基础医学院恢复建制，现有基础医学、生物学一级学科硕/博士学位点及博士后流动站，药理学二级学科硕/博士学位点。

        基础医学院下设10个系（生理学与病理生理学系、人体解剖与组织胚胎学系、病理学系、药理学系、病原生物学与免疫学系、生物化学与分子生物学系、细胞生物学与遗传学系、神经生物学系、生物物理学系、医学实验动物学系），6个研究所/中心（本科生生物与基础医学实验教学中心、心血管研究所、神经生物学研究所、癌症研究所、疼痛生物学研究中心、医学工程研究所）。现有教职员工265人，专任教师222人，其中国家级人才7人，省部级人才21人，校级青年拔尖人才26人；教授61人，副教授115人；博士生导师74人、硕士生导师76人，初步形成了一支思想活跃、团结创新的师资队伍。

        基础医学院主要承担医学各专业本科生、研究生医学专业基础课程，负责医学留学生专业基础课的英文授课，是医学人才培养的主要师资力量。现拥有国家级和省级优秀教学团队4个（生理学、药理学、生物化学与分子生物学和微生物学与免疫学），国家级一流本科课程（金课）4门（医学微生物学、药理学、生理学、蛋白质表达纯化及其结构解析虚拟仿真实验）；国家级精品课程1门（生理学），国家双语示范课程1门（药理学），精品资源公开课1门（生理学）；省级精品课程12门。获得国家级教学成果二等奖1项，陕西省教学成果二等奖1项；主编或副主编国家规划教材以及人民卫生出版社首套“器官-系统”整合课程与PBL教学系列教材20余部。

        基础医学院基础医学专业从2016年开始招生，学制5年，毕业后授予医学学士学位。培养具备自然、生命和医学的基本理论知识和实验技能，了解医学发展前沿，具备基础医学教学和科研能力的优秀学生。2020年获批“国家基础学科拔尖学生培养计划2.0”基地，2021年获批省级一流本科专业、2022年获批国家一流本科专业。

        基础医学院拥有中国西部科技创新港转化研究院、西安市免疫相关疾病基础与转化研究重点实验室，依托“环境与疾病相关基因”教育部重点实验室、陕西省新型治疗疫苗工程技术研究中心、陕西省实验动物中心等研究基地，支撑科学研究，建设一流学科。围绕临床问题，重视原始创新，开展基础与转化研究，取得了诸多成绩。目前拥有生理学国家重点学科，并在免疫相关疾病、神经性疾病、心血管疾病、感染与炎症性疾病、肿瘤及代谢性疾病的致病机理及干预等方面形成相对稳定的专业学科与研究方向。近五年承担重大重点项目6项，国家自然科学基金项目120项，发表SCI期刊论文700余篇，其中在Nature Cell Biology、Circulation、Hepatology、Journal of Hepatology、Molecular Psychiatry，Science Translational Medicine、Immunity、PNAS等影响因子大于10分的高水平杂志发表论文 30余篇；获得国家发明专利76项，实用新型专利4项；获陕西省科学技术奖及高等学校科学技术奖一、二、三等奖共28项。

        在国家及学校相关提升计划的支持下，基础医学院的科研教学条件不断改善，师资队伍不断优化和发展，创新能力也在不断提高。今后将在学校、医学部的大力支持下，继续全面改善队伍结构，提高科研水平及人才培养质量，建设良好的文化氛围，强化社会服务职能，扩大国际合作与交流，使基础医学真正成为交大医学发展的基石，医学各项工作的支撑和医学科研创新的引擎。在“双一流”建设中，把交大基础医学院办成西北领先、国内一流、世界知名的基础医学院。