基础医学院的学科形成于1937年，分别于1979年、1981年获国务院学位委员会首批硕士、博士学位授予权。1986年成立西安医科大学基础医学院。2000年4月西安医科大学与、陕西财经学院三校合并成立医学院，基础医学院取消建制。2012年医学部成立，2014年底基础医学院恢复建制，现有基础医学、生物学一级学科硕/博士学位点及博士后流动站，药理学二级学科硕/博士学位点以及药学一级学科博士后流动站。

基础医学院下设10个系（生理学与病理生理学系、人体解剖与组织胚胎学系、病理学系、药理学系、病原生物学与免疫学系、生物化学与分子生物学系、细胞生物学与遗传学系、神经生物学系、生物物理学系、医学实验动物学系），6个研究所/中心（本科生生物与基础医学实验教学中心、心血管研究所、神经生物学研究所、癌症研究所、疼痛生物学研究中心、医学工程研究所）。现有教职员工247人，教育部新世纪人才4人；青年拔尖人才7人，享受国家政府津贴专家6名，陕西省教学名师2人；教授41人，副教授81人，博士生导师48人、硕士生导师117人，讲师61人；专职科研博士后8人；教辅/科研辅助人员53人，初步形成了一支思想活跃、团结创新的师资队伍。

基础医学院主要承担所有医学各专业本科生、研究生医学专业基础课程，负责医学留学生专业基础课的英文授课，是医学人才培养主要师资力量。现拥有国家级和省级优秀教学团队4个（生理学、药理学、生物化学与分子生物学和微生物学与免疫学），国家级精品课程1门（生理学），国家双语示范课程1门（药理学），精品资源公开课1门（生理学）；省级精品课程12门。2013年获得国家级教学成果二等奖1项，陕西省教学成果二等奖1项；作为主编或副主编编写了包括《生理学》《局部解剖学》《药理学》《机能实验学》和临床医学专业“器官-系统”整合课程与PBL教学系列教材在内的20部基础课程国家级规划教材。近五年培养博士生146人，硕士生170人，博士后百余人。

基础医学院基础医学专业从2016年开始招生，每年从全国各地招生30-50名学生，学制5年，毕业后授予医学学士学位。培养具备自然、生命和医学的基本理论知识和实验技能，了解医学发展前沿，具备基础医学教学和科研能力的优秀学生。

基础医学院紧跟国际前沿，结合国家重大卫生需求、地区发展与人类健康的需要，开展系列科研工作，拥有生理学国家重点学科，依托“环境与疾病相关基因教育部重点实验室”、陕西省实验动物中心等研究基地，形成了相对稳定的专业学科与研究方向。在神经性疾病、心血管疾病、感染与炎症性疾病、肿瘤及代谢性疾病的致病机理及干预等方面的研究形成了自己的特色。近五年承担重大项目（973、863及科技支撑计划）4项，国家自然科学基金项目118项，发表SCI期刊源论文595篇；国家发明专利27项，实用新型专利4项；获陕西省科学技术奖一等奖、二等奖等4项。

在国家及学校相关提升计划的支持下，基础医学院的科研教学条件不断改善，师资队伍不断优化和发展，创新能力也在不断提高。今后将在学校、医学部的大力支持下，继续全面改善队伍结构，提高科研水平及人才培养质量，建设良好的文化氛围，强化社会服务职能，扩大国际合作与交流，使基础医学真正成为交大医学发展的基石，医学各项工作的支撑和医学科研创新的引擎。在“双一流”建设中，把交大基础医学院办成西北领先、国内一流世界有名的基础医学院。

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