在百余年的发展历程中，形成了比较丰富、完整的档案、资料。1957年3月成立了党政联合档案室，1982年10月改名为综合档案室，1987年4月经原国家教委批准，在综合档案室的基础上，成立了档案馆。2000年4月，西安医科大学、陕西财经学院与合并，两所学校的档案工作随之纳入档案馆统一管理。

     档案馆既是学校档案工作的职能管理部门，又是永久保存和提供利用本校档案的科学文化事业机构。档案馆内设办公室、收集指导室、保管利用室、档案编研与技术保护室。现有工作人员20人。馆舍总建筑面积2400平方米。其主要职责是：对全校档案工作进行规划、组织、协调、监督与指导，对学校各类档案和资料集中统一管理，并为学校和社会提供档案查询服务，参与校史的科研工作。馆藏档案分为10个全宗：1.南洋公学—交通大学（1897—1959年）；2.商船学校（1912—1915年）；3.省立医专（1940-1948年）；4.国立西北医学院(1941-1949年）；5.西北大学医学院省立助产学校（1947-1949年）；6.苏南工业专科学校（1948—1956年）；7.西安动力学院（1955—1957年）；8.西安医科大学（1949—2000年）；9.陕西财经学院（1960—2000年）；10.（1959年至今）。截止2022年底，馆藏档案341943卷，其中历史档案4074卷(含医学院建国前档案646卷）；资料9808册；照片236109张。这些档案、资料真实记录了学校百余年的发展史，是研究中国近现代高等教育史不可或缺的重要文献。档案馆将努力建设成为永久保存学校档案的基地、校史研究的基地、爱国主义教育基地和为学校与社会高效服务的现代化档案信息中心。

更新日期：2023年6月2日