南洋公学初创之时，试行由小学、中学到大学的正规教育体系，将培养人才的计划定为“收效皆在十年之后”。然时局之需，加速人才培养成为当务之急。于是，在南洋公学代总理张元济提议，盛宣怀亲自督办之下，公学设立特班，以培养国之经济特科之才，实现从速培养新政人才的目的。

1901年4月始，公学着手拟定特班师资并举行招录考试。期间，盛宣怀曾数次约见蔡元培，并亲自前往他的住处晤谈，邀请其出任特班总教习一职。特班开学伊始，蔡元培正式上任，开启了他与公学虽短暂却不失精彩的一段因缘际会，在校史上留下了浓墨重彩的一笔。

蔡元培在校期间倡导民权、女权等自由思想，其独特的授课方法更是给特班学生受益匪浅的启迪。据曾就读于特班的学生们回忆，蔡元培的教学方法新颖，常开列出诸如哲学、政治、文学、外交、经济、教育等约二、三十门科目的书目清单，让学生各选一、二科仔细研读，并要求每日撰写读书札记。学生所呈札记，他不但亲手批阅，还每夜例请两三名学生就所呈札记讨论交流。

蔡元培在特班时的教授方法堪称因材施教的典范，其渊博的学识和谦和的品行，亦使每位学生心悦诚服。他以自己“不习日语而强读日本书”之方法教授学生。在他的指导下，“不数日，人人能读日文，且有译书者”。他倡导特班成立演说会，自拟题目分组定期进行演讲、辩论，以应必要时以语言唤醒民众之需。

1902年末，学校内爆发了一场由一只墨水瓶引发的进步学生与顽固守旧派势力之间的斗争运动（史称“墨水瓶事件”），导致一百多名学生退学，支持学生运动的蔡元培也因此事愤然离职。蔡元培给予学生们的教诲是受益终身的。他自由民主的进步思想也早已在南洋公学播下火种。从特班走出的李叔同、黄炎培、邵力子、谢无量、胡仁源、黄大钧等人，都在追求民主的时代浪潮中，成为“桢干大才”，为民族进步、文化发展贡献出各自的力量。

1928年2月，学校恢复交通大学之名后，南京国民政府委任时为国民政府大学院院长的蔡元培出任交通大学校长全校师生举行热烈而隆重的欢迎礼。蔡元培的到来，也为当时长期处于动荡的学校时局带来新的气象与生机。他主张“教授治校”，对教学教务、学生管理、财务经费均推行改革新法。他将交通大学一直以来沿袭的“科门”学科建制，改为现代大学制度中较为提倡的“学系”建制，成立数学、物理、化学三系，整合国文、外文教学资源扩建为中国文学系和外国文学系。其中，数理化三系的建制为学校日后形成理工管鼎立的局面夯实了根基。但令人惋惜的是，在学校刚刚呈现出发展生机时，蔡元培却因政务繁忙离任校长一职。

蔡元培一生与南洋公学及尔后的交通大学有着极深的渊源。学校建校二十周年之际，他亲临庆典并称赞早期的南洋公学“不特为当时华校所罕见，抑亦在华西校所难几然”，称赞学校在其后的发展中学科趋于完善，“成绩之优美，为举国学校所仰慕”。

作者：史瑞琼